公司注册小规模与一般纳税人的主要区别在于计税方式、销售额限制以及税收优惠政策等方面。
1、计税方式：小规模企业通常采取简易计税的方法，而一般纳税人则采用一般计税方法，在核算税款时，小规模纳税人不能抵扣进项税额，而一般纳税人可以抵扣进项税额。
2、销售额限制：小规模纳税人的年应征增值税销售额通常不超过认定标准（通常为几百万元），而一般纳税人则没有这种限制，一旦小规模纳税人的年应税销售额超过规定标准，则会被强制转为一般纳税人。
3、税收优惠政策：小规模纳税人可以享受一些特定的税收优惠政策，如月度销售额不超过一定数额（通常为十万元）免征增值税等，一般纳税人虽然也可以享受部分税收优惠，但优惠政策的适用范围和力度可能与小规模纳税人不同。
除了以上方面，两者在公司运营、发票使用等方面也存在差异，小规模纳税人购买商品时无法开具增值税专用发票，只能开具普通发票；而一般纳税人则可以开具增值税专用发票并进行税款抵扣。
公司注册小规模与一般纳税人的选择应根据公司的实际情况和需求来决定，在选择时，公司应充分考虑自身的业务规模、业务模式以及长期发展等因素，以便选择更有利于公司发展的税务方式。
