注册公司时使用一般纳税人和小规模纳税人主要存在以下区别。
1、税率不同：小规模纳税人增值税税率一般为3%，而一般纳税人根据业务的不同，税率会有所不同，例如贸易类一般纳税人税率为13%，服务类一般纳税人税率为9%，小规模纳税人享受增值税的优惠政策，月销售额不超过一定金额（如季度销售额不超过三十万）可以享受免税政策，但一般纳税人在销售货物或应税劳务时，需要开具增值税专用发票并收取相应的税款。
2、发票使用不同：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人销售时可以使用增值税专用发票并可以抵扣相应的税款，这使得一般纳税人在客户管理、财务管理等方面更具优势，一般纳税人可以开具增值税专用发票，这使得客户更愿意选择与其合作，一般纳税人还可以自行购买发票并使用税控专用设备开具发票。
3、申报频率不同：小规模纳税人通常按季度申报增值税，一般纳税人则是每月进行申报，小规模纳税人可以享受简易征收的便利，而一般纳税人需要建立完善的财务管理体系并接受税务部门的定期审查，小规模纳税人的账务处理相对简单，而一般纳税人的账务处理较为复杂。
注册公司选择一般纳税人还是小规模纳税人主要取决于公司的业务规模和发展需求，小规模纳税人适用于小规模企业或个人创业初期，可以享受一定的免税政策并简化申报流程；而一般纳税人适用于规模较大、业务复杂的企业，可以更好地体现其财务管理水平和信誉度，建议根据具体情况咨询专业人士以获取更准确的建议。
