公司注册小规模与一般纳税人在多方面存在明显的区别，主要体现在以下几个方面。
1、税率与税额计算方式：小规模纳税人增值税税率通常为3%，而一般纳税人根据行业不同，税率会有所差异，例如贸易为13%，服务为9%，制药等行业为应税货物适用税率，小规模纳税人税额计算方式为销售额直接乘以税率，而一般纳税人税额计算方式较为复杂，需要考虑多个因素，小规模纳税人可以享受月度应税销售额不超过规定限额免征增值税的优惠政策。
2、发票使用限制：小规模纳税人销售时只能使用普通发票，而一般纳税人销售时可以使用增值税专用发票等，小规模纳税人销售货物时只能开具普通发票，如需开具增值税专用发票则需要向税务机关申请代开，一般纳税人可以自行开具增值税专用发票，一般纳税人还可以自行开具电子发票等。
3、纳税申报频率：小规模纳税人通常按季度申报增值税等税项，一般纳税人则需按月申报纳税，小规模纳税人的申报较为简单，一般纳税人则需进行更为复杂的申报流程，一般纳税人还需要定期提交财务报表等更为详细的资料。
4、业务规模与需求：小规模纳税人通常适用于小规模业务的企业或个人，如小型零售店等小型企业或个人经营者，一般纳税人则适用于规模较大、业务复杂的企业或大型商业实体等大型企业，一般纳税人的客户往往要求企业提供增值税专用发票等证明文件，因此对于一些需要拓展客户群体的企业来说注册为一般纳税人可能更为合适。
公司注册小规模与一般纳税人的区别主要体现在税率与税额计算方式、发票使用限制、纳税申报频率以及业务规模与需求等方面，企业在选择注册类型时应充分考虑自身实际情况和需求进行选择。
