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注册100万的公司应当认定为一般纳税人。

公司的纳税类型并不完全取决于其注册资本，还受到公司提供的服务和年度销售额等因素的影响，如果公司提供的应税服务属于应税劳务并且年度销售额超过小规模纳税人的标准（通常为年应税销售额不超过一定额度），则应当申请一般纳税人资格，公司的税务鉴定并非简单的划分，还需要考虑公司的实际经营情况等因素，建议咨询专业的税务人员或机构以获得更准确的答案。