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公司注册资金最后应存入公司的银行账户，作为公司的资产，用于公司的日常运营和发展。具体处理方式取决于公司的经营情况和需求，以下是可能的处理方式。
1、运营资金：公司可以使用注册资金作为日常运营的资金，如购买原材料、支付员工工资等。
2、投资：公司可以使用注册资金进行投资，如购买固定资产、投资其他公司或项目等。
3、偿还债务：如果公司需要偿还债务，可以使用注册资金来偿还。
4、分配利润：如果有剩余的注册资金，且公司盈利良好，公司可以考虑将部分资金作为利润分配给股东。
需要注意的是，公司注册资金是公司承担债务和责任的基础，因此公司在使用注册资金时应遵循相关法律法规和公司章程的规定，确保合法合规，公司应及时更新银行账户信息并妥善保管相关凭证和记录，以便应对可能的审计和监管检查。
仅供参考，如有任何疑问，请咨询专业律师或会计师。