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在上海注册公司但在外地经营需要办理一些相关手续和步骤，以下是一般的操作流程。
1、公司注册：首先需要在上海完成公司的注册工作，包括选择公司名称、提交注册资料、办理营业执照等步骤。
2、办理外经营备案：如果公司需要在外地经营，需要向所在地工商部门办理外经营备案，备案时需要提供相关证明文件，如营业执照、税务登记证等。
3、办理税务登记：在外地经营的公司在当地需要办理税务登记，包括申请税务登记证、办理税种核定等手续。
4、办理银行开户：为了方便公司的资金往来，需要在当地银行开设公司账户。
5、办理相关许可和证书：根据经营的业务范围和当地法规要求，可能需要办理相关的许可和证书，如卫生许可证、消防许可证等。
6、遵守当地法规：在外地经营的公司需要遵守当地的法规和政策，包括工商、税务、环保、劳动等方面的规定。
需要注意的是，具体的办理流程和所需材料可能因各地规定不同而有所差异，建议在办理前咨询当地工商部门或专业服务机构，以确保办理流程的顺利进行，公司在外地经营还需要考虑人员、物流、市场等方面的问题，需要做好充分的准备和规划。