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关于法院拍卖厂房涉及的税费问题，总金额1000万的厂房拍卖会有以下几种主要的税费。
1、契税：契税是房屋权属转移时向其承受者征收的税种，具体的税率和计算方式会根据地区和厂房的具体情况有所差异，按照一般的计算方式，契税需要缴纳总金额的3%，1000万的厂房拍卖，契税为30万。
2、增值税：如果厂房拍卖后发生转让，需要缴纳增值税，一般情况下，增值税的税率为5.5%，增值税为拍卖总金额的5.5%，即55万，但需注意，如果厂房已经使用超过两年，那么可能会免交增值税。
3、其他税费：除了上述两种主要税费外，还可能涉及到土地增值税、个人所得税等，这些税费的计算方式和比例会因具体情况而异。
法院拍卖厂房的总金额如果是1000万，那么涉及的税费可能是数十万到数百万不等，具体金额和需要缴纳的税种需要根据具体情况进行计算，建议咨询当地的税务部门或相关律师来获取准确的信息。