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在深圳申请商标注册的流程如下。
1、申请人申请商标注册或者享有申请优先权的文件准备妥当后，登录中国商标网提出申请，一旦有申请的问题，可以直接询问商标局的经办人员。
2、商标局收到申请后会对所申请的商标进行审查，包括形式审查和实质审查，形式审查主要检查商标注册申请是否齐全，申请表格是否符合规范等，实质审查则是对商标是否具有可注册性进行的全面审查，如果审查不通过，商标局会发出驳回通知书，如果通过了审查，商标局会予以初步审定公告。
3、如果在初步审定公告的三个月内无人异议或异议已经解决，那么商标就会成功注册并下发证书，如果申请被驳回或者部分驳回，商标局会下发驳回通知书或驳回部分通知书，申请人可以选择接受或提出复审申请，如果商标注册成功，商标局会下发商标注册证书，整个流程大约需要一年左右的时间。
就是在深圳申请商标注册的基本流程，建议咨询专业律师或代理机构以获得更准确的指导。