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当闲鱼卖家已经发货，但买家申请退款时，建议双方先尝试沟通，了解买家退款的具体原因。根据闲鱼平台的规定和双方的实际情况，可以采取以下措施。
1、如果卖家还未收到买家退回的商品，且买家申请退款的时间在发货之后的一定时间内（如卖家设定的退货期限内），卖家可以选择同意退款申请，交易状态会变为“已取消”，运费由谁承担需要看双方之前的约定，如果商品未收到且买家没有确认收货，建议卖家及时联系买家沟通协商运费问题，如果买家已经确认收货，那么退款申请可能需要卖家承担运费。
2、如果卖家已经收到商品，买家申请退款时，卖家需要仔细核对商品情况，如果商品完好无损且符合退货要求，卖家可以与买家协商达成一致后同意退款，如果商品存在损坏或不符合描述等情况，卖家有权拒绝退款申请或要求买家承担部分费用，在这种情况下，建议卖家提供相关证据并联系闲鱼客服介入处理。
无论采取哪种措施，建议卖家在操作过程中保留好相关证据和聊天记录，以便在发生纠纷时作为证据使用，为了避免不必要的损失和纠纷，建议在发货前与买家充分沟通并明确双方的责任和义务，如果无法协商解决，可以寻求闲鱼客服的帮助。