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个人注册公司并开发票，如果合法合规进行业务操作，并不会产生不良后果。然而，如果存在不当行为或违法行为，可能会面临以下风险或后果。
1、税务问题：如果个人注册公司后存在逃税、偷税等行为，将会面临税务部门的处罚，包括罚款、滞纳金等，长期逃税还可能影响个人信用记录。
2、法律责任：如果发票开具不当或存在虚假开票行为，个人注册的公司可能会承担法律责任，开具的发票与实际交易不符、虚构交易等都属于违法行为，可能会受到法律制裁。
3、信誉风险：不当的发票开具行为还可能影响个人注册公司的信誉，一旦被发现违规行为，可能会影响公司的业务合作和声誉。
4、其他风险：如因个人注册公司开发票而涉及其他违规行为，还可能面临罚款、吊销营业执照等风险。
个人注册公司并开发票时，应确保合法合规进行业务操作，遵守相关法律法规，避免不当行为或违法行为带来的风险，如果有任何疑问或不确定的地方，建议咨询专业人士或相关部门。