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企业注册二维码的费用因多种因素而异，包括所在地区、注册机构、二维码的类型（如普通二维码、防伪二维码、带认证的二维码等）等。一般来说，注册一个普通的二维码是免费的，但一些特殊的二维码服务可能需要支付费用以获得更多功能。
某些第三方平台提供企业二维码注册服务，可能会根据企业需求和提供的服务内容收取一定费用，这些费用可能包括初始注册费、年度管理费、使用高级功能费等。
如果需要定制二维码设计或者增加特殊功能（如数据分析、追踪等），也可能需要支付额外的费用。
具体费用需要根据企业的具体需求和所选服务来确定，建议企业在选择注册二维码时，咨询相关服务机构，了解详细的费用和服务内容。