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当老板注册多家公司，并且涉及到劳动争议时，申请劳动仲裁的具体流程可能因地区和具体情况而异。一般来说，以下是一些基本步骤和建议。
1、收集证据：需要收集所有与争议相关的证据，包括工作合同、工资单、工作时间表、通讯记录等，这些证据有助于证明您与老板之间的雇佣关系以及存在的争议。
2、确定具体公司：确定与您存在争议的具体公司，因为劳动仲裁通常针对特定的公司或组织。
3、查找当地劳动仲裁委员会：您可以找到当地的人力资源和社会保障局或劳动仲裁委员会。
4、提交申请：向当地的劳动仲裁委员会提交申请，在申请中，您需要详细描述争议的情况，包括您的诉求、事实、证据等。
5、提交相关材料：根据劳动仲裁委员会的要求，提交所有相关的材料，如工作合同、工资单等。
6、参加听证会：在提交申请后，劳动仲裁委员会可能会安排听证会，您需要参加并陈述您的情况和证据。
7、等待裁决：劳动仲裁委员会将根据双方提供的证据和陈述，作出裁决。
需要注意的是，每个地区的具体流程可能有所不同，如果对具体的流程或要求有疑问，建议咨询当地的劳动仲裁委员会或律师以获取更详细的信息。
如果老板在多家公司之间转移资产或利用这些公司进行非法活动，可能存在更复杂的法律问题，在这种情况下，建议咨询专业律师以获取法律建议。