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公司注册在苏州市和常熟市的主要区别体现在以下几个方面。
1、地域优势：苏州市作为一座大型城市，拥有更为完善的交通网络和更为丰富的资源，包括人力资源、物料资源等，而常熟市作为一座县级城市，在某些特定领域或产业上可能有其独特的优势，比如特定的产业政策或资源。
2、政策扶持：两市对于公司注册的政策扶持力度不同，苏州市的扶持政策可能会更为广泛和多元化，涵盖各类产业，而常熟市可能在某些特定产业或行业提供更为具体的扶持政策。
3、经济发展状况：苏州市作为江苏省的经济中心之一，经济发展较为成熟，市场活力强，而常熟市的经济发展也有其独特之处，特别是在一些特色产业上。
4、注册流程和要求：两市的公司注册流程和注册所需材料可能有所不同，包括公司名称的核名、工商提交材料、审核通过后领取营业执照等步骤，但具体流程和所需材料可能因地区而异。
公司注册在苏州市和常熟市各有优势，需要根据公司的具体需求和业务发展方向来选择，如果公司需要更广泛的资源和市场机会，可能选择苏州市更为合适；如果公司在某些特定产业或领域有优势，可能选择在常熟市更为有利，建议在决定注册地点之前，详细了解两市的政策、法规和资源情况，以便做出更明智的决策。