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公司注册资金为100万的公司在遣散员工时，员工权益的保障程度取决于多个因素，包括公司的财务状况、劳动合同、法律法规等。
1、财务状况：如果公司经济状况良好，有足够的资金来支付遣散员工的补偿，那么员工的权益可能得到较好的保障，如果公司财务状况不佳，资金紧张，那么员工的补偿可能会受到一定影响。
2、劳动合同：劳动合同是保障员工权益的重要法律依据，如果劳动合同中明确规定了遣散员工的补偿方式和标准，那么公司应按照合同约定执行。
3、法律法规：无论公司注册资金多少，遣散员工时都需要遵守国家相关法律法规，如《中华人民共和国劳动法》等，这些法律法规对员工的权益保障有一定的规定，包括经济补偿、遣散程序等。
公司注册资金为100万的公司在遣散员工时，员工权益的保障程度取决于公司的财务状况、劳动合同和法律法规等多个因素，如果公司能够遵守法律法规，按照劳动合同约定进行遣散补偿，那么员工的权益可以得到一定程度的保障，但如果公司存在违法行为或违约行为，员工可以通过法律途径维护自己的合法权益。
仅供参考，如有任何疑问，请咨询法律专业人士或专业机构。